آزمایشگاه مرکز دارای بخشهای مختلفی از جمله : بیوشیمی ، انعقادی ، هماتولوژی، میکروبیولوژی ، بانک خون ، سرولوژی ، تجزیه ادرار ، گازهای خونی و پاتولوژی  می باشد که آزمایشات تخصصی زیادی در این بخشها انجام می گیرد. جهت استخراج نتایج از آخرین تکنولوژی ها استفاده می شود. بخش بیوشیمی به دلیل گستردگی انجام آزمایشات ، بزرگترین بخش آزمایشگاه می باشد که آزمایشات متعددی همچون : قند ، چربی ، تستهای کبدی ، تستهای قلبی ، تستهای تیروئیدی  ، هپاتیت ، ایدز ، پروستات ، الکترولیتها و ..... در این بخش انجام می گیرد. دستگاههای پیشرفته و مجهزی نیز در این بخش مورد استفاده قرار گرفته اند که منجر به تولید جوابهای دقیق و سرعت بخشیدن در امر جواب دهی به بیماران گردیده است.

بخش بانک خون از بخشهای حساس آزمایشگاه بوده و تعیین گروه خونی ، کراس مچ و آنتی بادی اسکرینینگ از آزمایشات این بخش می باشد. در بخش هماتولوژی آزمایشات تشخیص و افتراق سلولهای خونی  انجام می گیرد. بخش میکروب شناسی با انجام آزمایشات کشت بر روی انواع نمونه های ارسالی از جمله مایع پلور ، مایع مغزی نخاعی ، زخم ، خلط ، ادرار و ........ یکی دیگر از بخشهای آزمایشگاه می باشد که سهم به سزایی در کمک به تشخیص بیماریها دارد. آزمایشات تشخیص تب مالت ، تب حصبه ، روماتیسم ، سیفلیس و گراویندکس در بخش سرولوژی انجام می شود. بخش گازهای خونی که به دلیل انجام آزمایشات اورژانس جنب اتاق عمل قرار گرفته است از اهمیت خاصی برخوردار است و آزمایشات الکترولیتی و گازهای خونی در این بخش صورت می گیرد. بخش پاتولوژی با تشخیص انواع بیماریهای سرطانی از دیگر بخشهای مهم آزمایشگاه می باشد . آزمایش پاپ اسمیر، سیتولوژی مایعات و حفرات سروزی و بررسی آسیب شناسی بافتهای ارگانهای مختلف بدن از آزمایشات این بخش محسوب می شود.